No final do século XIX, a Igreja Presbiteriana dos Estados Unidos estava dividida em duas partes, por causa da questão da libertação dos escravos e consequente Guerra da Secessão. Isso significava que o Brasil era alvo do trabalho de duas Igrejas Presbiterianas do mesmo país. Vários missionários que trabalhavam aqui eram filiados ao "Board" de Nova Iorque (Igreja do Norte dos EUA) e outros eram filiados ao "Committee" de Nashville (Igreja do Sul dos EUA). Nem sempre havia acordo pleno entre esses dois grupos de missionários.
Com o correr do tempo foi se formando um corpo de pastores brasileiros. E a complicação do Presbiterianismo brasileiro aumentou. Nem sempre os pastores nacionais estavam de acordo com a forma de trabalho dos missionários estrangeiros. Consequentemente, três forças distintas estavam presentes dentro do Presbiterianismo no Brasil: os missionários do Norte dos Estados Unidos; os missionários do Sul dos Estados Unidos, e os pastores brasileiros.
A respeito de muitas questões, esses grupos tinham opiniões diferentes. Talvez a mais importante delas tenha sido a questão da evangelização indireta. O fato é que vultosos recursos financeiros eram empregados em instituições de ensino criadas pelos missionários. Alegava-se que, através de tais instituições, o evangelho estaria influenciando a sociedade brasileira. Alguns líderes do Presbiterianismo brasileiro, porém, achavam que esses recursos seriam mais úteis se fossem empregados na evangelização direta. E é aqui que destacamos a figura do Rev. Eduardo Carlos Pereira.
Na noite de 31 de julho de 1903, um grupo de 7 pastores e 11 presbíteros deixou a reunião do Sínodo (da então Igreja Presbiteriana do Brasil), liderados pelo Rev. Eduardo Carlos Pereira, para fundar a "EGREJA PRESBYTERIANA INDEPENDENTE BRAZILEIRA", segundo a ortografia da época. No dia seguinte, 1 de agosto, organizaram-na oficialmente em "Presbitério Independente". Outros quatro presbíteros foram arrolados entre os fundadores da Igreja (ficaram conhecidos como "fundadores do dia seguinte"). Os pastores fundadores eram: Eduardo Carlos Pereira, Alfredo Borges Teixeira bento Ferraz, Caetano Nogueira Júnior, Ernesto Luiz de Oliveira, Othoniel Motta, Vicente Themudo Lessa. Os presbíteros fundadores: Antonio José de Souza, Aquilino Nogueira César, Delphino Augusto de Moraes, Dinarte Ferreira Coutinho, Francisco Pires de Camargo, José Celestino de Aguiar, João da Matta Coelho, João do Amaral Camargo, João Garcia Novo, Joaquim Honório Pinheiro, José Antonio de Lemos, Julio Olyntho, Saturnino Borges Teixeira, Sebastião Pinheiro, Severo Virgílio Franco.
Em 1888, a Primeira Igreja Presbiteriana de São Paulo elegeu o Rev. Eduardo Carlos Pereira como pastor, dispensando o trabalho missionário. Nesse mesmo ano, instalou-se o Sínodo da Igreja Presbiteriana no Brasil. Era mais um sinal de que a obra presbiteriana estava em pleno desenvolvimento.
Os missionários e as igrejas dos Estados Unidos deveriam ter percebido esse movimento inicial e deveriam também passar a atuar no sentido de emanciparem a Igreja Presbiteriana que aqui organizaram, mas não foi isso que veio a acontecer.
Na base de tudo estava um problema muito sério: o da preparação dos pastores para a Igreja Presbiteriana no Brasil. Desde a organização do Sínodo, em 1888, a questão que dividia a Igreja era a da criação de um Seminário Teológico.
O Rev. Eduardo Carlos Pereira e sua igreja envolveram-se diretamente na questão. Afligia-os o fato de não existir uma preparação adequada para os pastores da Igreja. Foi em meio a essa situação que, a partir de 1898, surgiu mais um problema: a questão maçônica. A origem da questão maçônica se deu através dos artigos de Nicolau Soares do Couto Esher, publicados em "O ESTANDARTE", procurando demonstrar a incompatibilidade entre a maçonaria e a fé cristã. O assunto era polêmico. Vários pastores e missionários pertenciam à maçonaria.
Em 1901, o Rev. Eduardo Carlos Pereira publicou o livro "A maçonaria e a Igreja Cristã", e em seguida lançou uma Plataforma através de "O ESTANDARTE", com os seguintes pontos:
· Independência absoluta ou soberania espiritual da Igreja Presbiteriana do Brasil;
· Desligamento dos missionários dos presbitérios nacionais;
· Declaração oficial da incompatibilidade entre a maçonaria e o Evangelho;
· Conversão das missões nacionais em missões presbiteriais ou autonomia dos presbitérios na evangelização de seus territórios;
· Educação sistemática dos filhos da Igreja, pela Igreja, e para a Igreja.
Reuniu-se o Sínodo de 1903. A Plataforma de Eduardo Carlos Pereira foi posta em discussão. Os dois primeiros pontos foram rejeitados, sendo considerados como sinais de ingratidão para com os missionários. O terceiro ponto também foi recusado. O Sínodo decidiu que a maçonaria continuaria a ser permitida para os membros da Igreja e que não se poderia mais discutir o assunto.
O Rev. Vicente Themudo Lessa descreveu assim os acontecimentos:
"Então, pede o Rev. Eduardo a palavra para despedir-se. Fala primeiro aos missionários: Irmãos missionários, permiti-me dirigir-vos cordial despedida. Procurei um plano de cooperação entre os missionários e os nacionais. Vós não o quisestes. Creio que errastes; o futuro, porém, o dirá. E vós, meus patrícios, reagi quanto pude em favor do vosso prestígio moral. Nada consegui. A maçonaria cavou um abismo entre nós e vós. Ela foi, porém, o instrumento e, se me permitirem a expressão, a mão de gato para tirar as castanhas do fogo..."
