A tradição popular e oral conta que José de Almeida Naves, morador de Parnaíba, encontrou, no seu sítio, situado no bairro chamado Pirapora, por volta de 1725, encostada numa pedra no rio Anhembi, uma imagem do Bom Jesus, que levou para sua casa, onde colocou num altar doméstico para que o povo pudesse fazer aí suas rezas. No livro Tombo da Paróquia de Santana de Paraíba encontramos a primeira ref
erência oficial à Imagem do Bom Jesus. João Gonçalves Lima, pároco de Parnaíba, nos anos de 1797 a 1839, mandou, no 27 de outubro de 1825, aos quesitos do circular da Cúria de São Paulo sobre as capelas de Parnaíba. "Em distância de duas léguas para parte norte, junto à margem do rio Tietê e Salto de Pirapora, existe a Capela do Senhor Bom Jesus – Ecce Homo – ( Eis o Homem); a gloriosa e veneranda imagem é o Orago dela e foi achada milagrosamente na beira da aguada e pesqueiro do mesmo sítio, na margem do dito rio. Só talhada em madeira e depois aperfeiçoada, e estabelecida a sua Capela perto do lugar de sua invenção”
Ao pedido de José de Almeida Naves, que requereu a necessária licença para construir, nas suas terras, uma capela, com seu adro e cemitério próprios, veio, aos 07 de maio de 1725 o despacho nos seguintes termos: Passe provisão de licença que damos para o suplicante poder fazer uma Capela em uma fazenda que tem distante da Vila de Parnaíba duas léguas na Comarca de São Paulo para nela dizer missas...
Em 1730, o Padre Jacinto de Albuquerque Saraiva, Pároco de Parnaíba, nos anos de 1726 a 1732, benzeu a Capela do Senhor Bom Jesus e aos 06 de agosto, do mesmo ano, celebrou a primeira festa em louvor ao Senhor Bom Jesus. No mesmo livro de Tombo da paróquia do Santana de Parnaíba consta que em 1887 a então Capela de Bom Jesus, após uma reforma geral , foi elevada a Santuário, por Dom Lino Deodato de Carvalho, DD. Bispo de São Paulo, continuando sempre na dependência da Paróquia de Parnaíba
A pedido de Dom Joaquim Arcoverde de Albuquerque Cavalcanti, Bispo de São Paulo, chegaram em 26 de dezembro de 1896, os primeiros cônegos premonstratenses para assumirem a direção do santuário. Eles vieram da Bélgica e pertencem à Ordem Premonstratense, fundada em 1121, por São Norberto em Premontré, um lugarejo situado no norte da França. Em 28 de dezembro de 1897, o Santuário do Senhor Bom Jesus com suas terras adjacentes foi desmembrado da Paróquia de Santana de Parnaíba e canonicamente erigido em Paróquia, sendo no mesmo dia nomeado, o primeiro Pároco, o Cônego Vicente Van Tongel, o. prem., que tomou posse na missa de 02 de janeiro de 1898. A paróquia do Senhor Bom Jesus, cuja Matriz é o Santuário, que com a criação da diocese de Jundiaí em 1966, foi desmembrada do diocese de São Paulo, é a sexta paróquia mais antiga desta diocese. Ela abrange toda a superfície do Município de Pirapora do Bom Jesus. Tem uma área de 99 Km2 e está situada à 695m de altitude conforme o marco em frente à Igreja Matriz. A paróquia continua a ser administrada pelos Cônegos Premonstratenses, que além do Santuário, também administram o Seminário, que foi construído por eles em 1897. Foi durante mais de quarenta e cinco anos a sede do “Seminário Menor Metropolitano da diocese de São Paulo”, foi seminário Menor e Maior da Ordem Premonstratense e hoje é residência dos cônegos premonstratenses. Também funcionam neste prédio: a casa de formação dos jovens religiosos da Ordem, o museu “São Norberto“ e casa de encontros de jovens. O Santuário possui arquitetura em estilo Jesuíta europeu;onde em seu parapeito encontram-se duas bicas d’água potável saindo da boca de mascaras esculpidas em mármore de figuras mitológicas de seres aquáticos humanóides. Na frente do Santuário em suas duas laterais se encontram dois grandes nichos, nos quais em 1.952 por ocasião da festa do Senhor Bom Jesus, foi solenemente colocado duas belas estátuas, a de São Pedro e São Paulo bentas por Dom Rolim Loureiro, DD. Bispo Titular de Bria. Na Parte superior do coro se encontram três vitrais com painéis representativos do encontro da sagrada imagem do Sr. Bom Jesus alusivos a história. Os vitrais foram colocados na reforma de 1950 e em 1993 foram restaurados. Na torre do lado direito estava o primeiro relógio com a placa, Júlio do Santos. Hoje encontra-se no museu da seminário. Um novo relógio foi colocado em 1946 e ostenta os seguintes dizeres: José Michelini e Filho, Fabricantes Relojoeiros , São Paulo - Brasil. Abaixo do Relógio estão três sinos, cada um leva gravado no flanco seu nome, peso, tonalidade e número. Sancta Faustina (SI) 367 quilos nº 8292
Sanctus Oswaldus (RE) 206 quilos nº8293
Sancta Marina (MI) 146 quilos nº 8294
Na torre do lado esquerdo se encontra o maior sino o Sanctus Rudulfus (SOL) 705 quilos nº 8291
Os sinos foram doados pelo casal Rodolfo e Marina Pasqualim, em 29 de novembro de 1942; e benzidos por Dom José Gaspar de Afonseca e Silva. No interior do santuário encontramos ao fundo a famosa imagem do Sr. Bom Jesus colocada em um nicho central onde os fieis podem passar por ela e agradecer as graças recebidas, ao lado encontram-se as imagens de São Joaquim a direita e a esquerda a de Sant’Ana, que são avós maternos de Jesus. A frente está situado o altar mor de mármore datado de 1916 ao lado do altar se encontram duas imagens de anjos tocando arpa, embaixo está o desenho de um casal de cervos ao pé da cruz e acima a imagem de um anjo com asas abertas. Mais a frente se encontra o altar confeccionado em mármore verde onde são celebradas as missas, este altar foi inaugurado em 28 de Dezembro de 1972, ano do septuagésimo quinto aniversário da criação da paróquia do Sr. Bom Jesus, Sendo pároco Cônego Codofredo Chantrain.
À direita do altar se encontra a imagem de Nossa senhora das Dores e a esquerda a de São José. No Corredor direito do santuário estão às imagens do Calvário, Senhor dos passos, ao final temos as imagens de São Benedito e Nossa Senhora Aparecida, e ao final uma pequena imagem de Nossa Senhora do Desterro padroeira da Diocese de Jundiaí. No corredor esquerdo encontraremos a imagem do Sr. Morto, a mesma que é carregada durante a procissão da semana santa; a de São Norberto, patrono da ordem premonstratense em Pirapora, e a de Santo Antônio. Ao Fundo do corredor se encontra a capela do santíssimo sacramento; esta capela é uma lembrança de Sábado D’Ângelo datada de 20 de Julho de 1923. No teto estão pintados afrescos relembrando a sagrada escritura, o vitral é um dos mais bonitos, que apresenta quando Abraão iria sacrificar o Próprio filho Isaac em prova de obediência a Deus, quando este enviou um anjo para detê-lo e lhe garantir a promessa de uma nação numerosa. A capela possui uma porta lateral toda esculpida em madeira pelas mãos do artista Irmão José Winthofs. No arco superior central do Santuário encontram-se belíssimos afrescos da arte sacra com símbolos litúrgicos. Desde o dia 25 de janeiro de 2013, o Santuário do Senhor Bom Jesus está sendo pastoreado pelos Padres Diocesanos da Diocese de Jundiaí, quando o Pe. Silvio Andrei tomou posse como Pároco e o Pe. José Donizétti, Vigário Paroquial. No dia 06/04/2018 os Missionários Redentoristas assumiram o Santuário do Senhor Bom Jesus. Fonte: Cônego Godofredo Chantrain O.
