A Paróquia São Pedro e São Paulo foi criada em 11 de fevereiro de 1987, pelo Arcebispo Metropolitano de Botucatu, Dom Vicente Ângelo Marchetti Zionni, desmembrada da Paróquia de Nossa Senhora da Piedade. Luis Antonio de Castro é nomeado o primeiro pároco da recém criada Paróquia. Após um curto período, por nomeação do Arcebispo Metropolitano o Padre Castro foi designado a exercer seu ministério na sede Arquiepiscopal, Botucatu, em 31 de janeiro de 1988. Logo após, em 02 de fevereiro Pe. Ademar Domingos Roma é nomeado novo pároco. No mesmo ano na presença do Arcebispo, é solenemente introduzida a pedra fundamental do Centro Pastoral Catequético. Em 1989 a obra pode ser iniciada e sua conclusão se deu após sete anos e quatro meses e sua inauguração deu-se durante a 15ª Festa em louvor ao Santos Padroeiros, no dia 02 de junho de 1996, primeiro ato da festa desse ano. No ano de 1993, Pe. Ademar inovou os festejos da paróquia trazendo da cidade de Avaré a idéia da Festa do Milho Verde, festejo esse que continua a marcar nossa comunidade e toda a cidade. Empenhado na evangelização Pe. Ademar proporcionou a comunidade as Santas Missões Redentoristas onde o objetivo foi à busca de “Viver e crescer em comunidade” tal acontecimento se viveu no mês de março de 1994, ao lado da Matriz São Pedro e São Paulo está o Santo Cruzeiro relembrando esse acontecimento histórico. Após as missões, através do fervor do povo foi-se criada no mesmo ano, precisamente dia 18 de outubro a Capela dedicada a Nossa Senhora Mãe, Rainha e Vencedora Três Admirável de Schoenstatt no Jardim das Nações, e com os esforços da comunidade a paróquia adquiriu o terreno para a construção da futura Capela Mãe, Rainha. No ano de 1995 duas novas Comunidades foram criadas: em 11 de fevereiro a de Nossa Senhora de Lourdes, no Parque Residencial Rondon e a de São Vicente de Paulo no Bairro Julio Ferrari, em 27 de setembro, sendo perceptível o crescimento populacional da Comunidade. Padre Ademar deixa a Paróquia em 1996, assumindo a Paróquia de Nossa Senhora Imaculada Conceição, em Pereiras; nomeado pelo Arcebispo Metropolitano Dom Antonio Maria Mucciolo o Padre Silvio Natalino de Souza, toma posse no dia 27 de setembro. Dia 12 de outubro de 1998, com a presença do Arcebispo é feito o lançamento da Pedra Fundamental, para a construção da futura Matriz de São Pedro e São Paulo. Padre Silvio deixa inaugurada a Capela de Nossa Senhora Mãe, Rainha – Jardim das Nações e no Parque Residencial Rondon a Capela Nossa Senhora de Lourdes. Com a chegada de Dom Aloysio José Leal Penna em nossa Diocese, Pe. Silvio é transferido, em 31 de dezembro de 2000. Foi festiva a recepção ao novo Pároco Padre Urbano Leme de Oliveira no dia 07 de janeiro de 2001, com a presença do Arcebispo e dos paroquianos. O Padre Urbano inicia a construção da nova Matriz de São Pedro e São Paulo, fazendo o seu alicerce, realizando na paróquia e nas Capelas as festas de seus padroeiros, bem como a festa do Milho do Verde que se tornou uma tradição da Paróquia. A Comunidade São Pedro e São Paulo é uma das maiores concentrações de católicos da cidade. Em Abril de 2004 o Padre Urbano é transferido para a paróquia de Deus Menino em Botucatu, e no dia 06 de junho toma posse em nossa Comunidade o Padre Marcelo Aparecido Paes. Em Novembro de 2022, o Cônego Marcelo Aparecido Paes é transferido para Paróquia Santo Expedito em Avaré e no dia 15 de Janeiro de 2023 toma posse em nossa paróquia o Padre Gleison Nascimento Magatão, CR, nosso atual pároco.
