Fundada em 1916, a Paróquia Sagrado Coração de Jesus foi a segunda de Joinville. O que era capela de um asilo se tornou uma das maiores referências católicas da cidade. José Sundrup, vigário da Paróquia São Francisco Xavier, hoje Catedral Diocesana de Joinville, assumiu a nova igreja do Sagrado Coração de Jesus. Em 1917, a paróquia foi repassada à Congregação dos Padres do Sagrado Coração de Jesus
, sendo administrada pelo Pe. A imagem do Sagrado Coração de Jesus chegou em 1919, quando iniciaram os trabalhos do Apostolado da Oração e das Filhas de Maria. Já constituída como matriz, o Natal de 1940 foi celebrado na nova igreja que ainda precisaria ser finalizada. A construção da torre que abrigaria os sete sinos iniciou em 1957, durando dois anos. Erico Ahler, scj, assumiu como pároco e em 1967 a comunidade celebrou o cinquentenário e a ordenação do primeiro paroquiano, Pe. José Chafi Francisco, também conhecido como Monsenhor Juca. Dois anos depois, a paróquia ganhou sua primeira comunidade: São Judas Tadeu, localizada no Itaum, foi fundada em 2 de junho de 1965. Entre 1968 e 1970 foram retomadas as obras da Casa Paroquial e concluída a construção do centro comunitário. Neste mesmo período foi instalada a sacristia e os vitrais. Em 1973 chegaram a Joinville os restos mortais do Pe. Augusto, expostos na igreja até os dias de hoje. A reforma do prédio foi promovida pela campanha “Vamos pintar nossa igreja”, realizada em 1974. Um ano depois, o fogo destruiu parte do centro comunitário, que foi reconstruído com o dinheiro do seguro e ajuda da prefeitura. O sistema de sinos eletrônicos também foi inaugurado em 1975. Mais uma vez o fogo atingiu a igreja, agora na sacristia que precisou ser revitalizada em 1978. Em 19 de março de 1980 foi constituída a Comunidade Divino Espírito Santo, no Petrópolis, e em 1982 foi criada a Comunidade Nossa Senhora do Rosário, no Guanabara. A primeira Assembleia Paroquial aconteceu 1983 e contou com a participação de 62 agentes. A partir disso, foi formada a equipe de liturgia, conselho paroquial de pastoral e ação social. Em 1985 foi criado o estacionamento de veículos. A imagem de Nossa Senhora de Fátima, vinda de Portugal, passou pela paróquia em 1988, reunindo mais de seis mil fiéis, e um ano depois foi demolido o antigo galpão da Paróquia, que deu lugar ao atual centro comunitário. Em 10 de agosto de 1990 a Paróquia ficou completa com a fundação da Comunidade Sagrada Família, também no Guanabara. Em 1994, com a chegada do novo pároco, Pe. Antônio Wagner da Silva, scj, a Paróquia assume o programa “A caminho da luz” durante a madrugada na Rádio Difusora, hoje Arca da Aliança. Em 1997 é celebrado 80 anos da presença dehoniana em Joinville. O projeto que tornaria a Paróquia Santuário Sagrado Coração de Jesus o primeiro santuário de Joinville foi definido em 1999, sendo aprovado um ano depois. Com isso, foi realizada uma grande reforma na igreja: o presbitério ganhou a imagem do Sagrado Coração de Jesus, em substituição aos antigos vitrais, além do novo batistério e mesa da palavra. A frente da igreja também foi revitalizada. Neste mesmo período foram adquiridos novos terrenos que permitiram a ampliação do estacionamento. Em 2006, celebraram-se os 90 anos da Paróquia, com a participação de diversos padres que passaram por Joinville. Entre 2007 e 2010, uma série de melhorias foram realizadas. O ano de 2013 marcou um novo tempo na Paróquia Santuário Sagrado Coração de Jesus, pois deixou de ser responsável pelas Comunidades São Judas Tadeu, Nossa Senhora do Rosário, Sagrada Família e Divino Espírito Santo. A partir de então, a Paróquia assumiu plenamente sua missão de santuário, como local de peregrinação, fé e devoção ao Sagrado Coração de Jesus. Entre 2014 e 2015, uma nova reforma, em preparação às celebrações do Centenário: troca do piso e nova pintura da igreja, construção da Gruta de Nossa Senhora Aparecida, revitalização do jardim e do estacionamento. Em 2016, nas celebrações do Centenário e do Ano Santo da Misericórdia, o Santuário abriu sua Porta Santa, sendo local de peregrinação e recebimento de indulgências: toda 1ª sexta-feira do mês – Dia devocional ao Sagrado Coração de Jesus.
