Foi criada em 1860, segundo uns. Para outros foi criada em 1853 junto da Igreja Nossa Senhora de Sant'Anna, data que consideramos. Os livros de batismo iniciam-se em 1853 e o Pe. Antônio Fernandes aparece como vigário dessa Paróquia em 1605. Da mesma forma que o município tem divergências quanto à sua criação. Em 1554 foi construído o Convento da Imaculada Conceição, sob ordens de Martim Afonso de Souza. Em 1654 era o Vigário Pe. Gaspar Alves, citado como tal. No início do povoamento em Conceição de Itanhaém, 1532, seus habitantes edificaram no alto do morro de Itaguaçu, onde está hoje o Convento, uma pequena ermida de "barro" (como se referiam na época das edificações construídas à base de taipa de pilão), dedicada a Nossa Senhora da Conceição. Nela assistiram os padres jesuítas, tendo se destacado a atuação de Leonardo Nunes na doutrinação e apaziguamento dos nativos e colonos, bem como José de Anchieta e o Padre Manoel da Nóbrega. Serviu esta ermida de Matriz até 1639, momento em que deu-se início à edificação de nova matriz, também de barro, dedicada então a Sant'Anna. Foi a nova Matriz, porém, edificada abaixo do outeiro em terreno onde estendera-se o povoado (indicação de que o período de insegurança da conquista propriamente dita, sucedera o de assentamento da povoação já assegurado um domínio mais pleno da região). Não se sabe exatamente quando se deu início à construção da nova Matriz, podendo porém corresponder ao período em que Itanhaém tornou-se cabeça de Capitania (1642 a 1679). O que é certo é que a Igreja estava efetivamente em obras no segundo decênio do século XVIII, momento em que recebe da Fazenda Real, por três anos, "cem mil réis cada ano, para a obra da capela-mor da Igreja da Vila de Conceição". As igrejas matrizes mereciam por parte do rei de Portugal, como chefe da Igreja Católica no Império Luso, atenção especial, cabendo-lhe assistir o povo nas suas edificações.A Matriz de Itanhaém, no terceiro quartel do século XVIII, pouco antes e durante o governo de Morgado de Mateus, passou por profundas reformas. A obra, apesar do auxílio metropolitano, é todavia, realizada com esforço e as possibilidades limitadas da população que, segundo um documento da época, "a puseram nos termos que a possibilidade braçal podia chegar". Não se concluíra ainda a obra, e se encontrava ameaçada de ruir, visto que "todo madeiramento da capela-mor e o da Torre está podre dos tempos por não estar coberto e falta dinheiro para pagar pedreiros, e desta sorte, as paredes padecem ruínas não obstante serem de pedra e cal (1769)". Apesar das dificuldades enfrentadas, tudo indica que se conseguiu concluir a obra pretendida, obtendo então a igreja a configuração que até hoje possui. Indicações visíveis em suas paredes laterais e outras verificadas na obra encetada pelo órgão de preservação, permite-nos supor, nesta época, que a Matriz sofreu alteamento em todo o corpo do edifício, inclusive do frontão da fachada, mantendo este porém, a configuração anterior. Antes de finalizar o século XVIII, todavia a igreja ainda está em obras, necessitando novamente do concurso do povo, o qual é, em 1799, pelo reverendo pároco, dividido em "esquadras para consertar-se a igreja". Durante o século seguinte, época em que declinam sobremaneira as atividades econômicas da região, com a descoberta do ouro na região das Gerais, conhecendo todas as vilas do litoral sul paulista em profunda decadência, o abandono e a falta de recursos constituíram fatores constantes de ameaça ao seu patrimônio público. A Matriz de Itanhaém, junto com a igreja e o Convento franciscano, não escapam a essa situação geral. Os "camaristas" de Itanhaém reclamam do esquecimento de que é vítima a cidade e, vez ou outra, obtém pequenos auxílios que permitem, como ocorreu nos anos 70 do século passado, realizar consertos mais urgentes na igreja. Esta situação não se modifica até os primeiros decênios do século XX. No ano de 1920 deflagra-se em São Paulo - repercutindo depois em outros pontos do país - campanha em prol da preservação de nosso patrimônio histórico. Vários intelectuais e autoridades dela participam. As igrejas de Itanhaém são objetos de interesse dessa campanha. Anos mais tarde (1942), já criado o órgão federal de preservação do patrimônio histórico e artístico (SPHAN), são elas reconhecidas como monumentos nacionais. A Matriz de Itanhaém possui nos seus altares exemplares importantes do remanescente da arte sacra paulista. A integridade dos altares ficou ameaçada, de um lado, pelo ataque intenso de cupins que ameaçava sua estabilidade. Por outro lado, sucessivas iniciativas de conservação comprometeram as talhas, na sua forma e coloração originais. Foram adotados, em 1992, alguns procedimentos como: imunização integral dos altares que previna contra novos ataques, prospecção para avaliação da resistência mecânica dos suportes e para identificação dos vários tratamentos dados anteriormente aos altares. Descobriu-se assim, indícios de douração e policromia.
