Ereta em 1795 para proteção religiosa da Armação Baleeira de Garopaba. Primeiro como uma pequena capela de chão batido, paredes de estuque caiado e já coberta de telhas que guarda o padroeiro São Joaquim, pai de Nossa Senhora, avô materno de Jesus Cristo. Depois da passagem de alguns párocos encomendados e sem livros de registro, foi o Decreto Imperial, em dezembro de 1830, que criou a Freguesia e
instalou a Paróquia de São Joaquim da Garopaba. E como primeiro vigário foi indicado o padre Vicente Ferreira Cordeiro, que entre idas e vindas, conduz a paróquia até 1851. Em 1862 chega em Garopaba o vigário Raphael Faraco, que dá ânimo à paróquia e transforma a pequena capela em igreja. Nos 4 anos seguintes a igreja recebe assoalho e forro, o coro e o púlpito. Nesse momento de prosperidade é criada a Irmandade do Santíssimo Sacramento, do Divino Espírito Santo e de São Joaquim quando foi adquirida a imagem de Nsa. das Dores. Em cerimônia festiva, em fevereiro de 1884, é instalado o sino, batizado em honra a São Francisco de Assis. Por Decreto do governador Lauro Severiano Müller em 7 de abril de 1890 é criada a Vila de Garopaba. Foi quando a comunidade deu início a construção, junto à praça da Matriz, a Capela em devoção a Sr. Bom Jesus, consagrada em setembro de 1896. Depois do falecimento do padre Faraco em 1917, assumiu a paróquia o padre César Rossi que logo efetuou uma bela reforma na igreja, comemorada na festa do Sagrado Coração de Jesus, em dezembro de 1922. Neste mesmo ano dá início a Irmandade e a Festa de Nsa. dos Navegantes e projeta a construção da torre e da escadaria, inauguradas no Natal de 1937. Após a saída do padre Rossi, em 1946, vários outros padres passaram por Garopaba, até a chegada do padre Francisco de Assis Wloch, em 1976, que inicia uma reforma completa, concluída em final de 1978. Foi o padre Pedro Schlichting que providenciou a primeira restauração em 2016. O Decreto Estadual nº 2.996, de 25/06/1998 garante seu tombamento como patrimônio material do estado de Santa Catarina.
