Esse desejo já era alimentado por Dom Afonso Niehues (Arcebispo de Florianópolis entre 1967 e 1991) desde 1968 e mesmo solicitado pelo Estado, por meio da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC). Os estudos teológicos foram realizados, até então, em São Leopoldo e Viamão (RS) e, depois, em Curitiba (PR). Em sintonia do Concílio Vaticano II, se percebeu a necessidade de um curso de Teologia no Estado, adaptado à realidade catarinense. A intenção do Regional Sul-IV era dupla: acompanhar os candidatos ao presbiterado de maneira mais próxima e ser presença colaboradora no ensino da Teologia. Com iniciativa da Arquidiocese de Florianópolis, teve início a construção de um pequeno edifício de dois andares, simples, inaugurado em 30 de março de 1973. Tinha 14 quartos e demais dependências. Recebeu o nome simbólico de Convívio Emaús, sugerido pelo Pe. Paulo Bratti, primeiro diretor do Instituto Teológico de Santa Catarina – ITESC. Numa de suas salas celebrou-se a Missa inaugural, presidida por Dom Afonso, e foi ministrada a primeira aula do antigo Instituto Teológico de Santa Catarina (ITESC), com a presença de seminaristas de Florianópolis, Lages e Tubarão, totalizando 13 alunos. Paulo Bratti entrou em contato com a UFSC para celebrar convênio para uso de salas da Universidade, que acolheram o curso de Teologia de 1973 a 1993. Durante esse tempo, os padres responsáveis pela formação dos seminaristas eram os professores do Instituto Teológico. Mudanças
Em 1975, a Arquidiocese percebeu a necessidade de um novo prédio para a formação dos seminaristas. Essa construção serviu a esses fins até 1991 e hoje abriga o Regional Sul-IV da CNBB e o Tribunal Eclesiástico. Durante esse período, o Convívio foi tido como extensão do ITESC e alugado para estudantes. Em 1979 foi inaugurada a antiga sede do ITESC, hoje Faculdade Católica de Santa Catarina (FACASC) que ao mesmo tempo era a residência dos seminaristas catarinenses, exceto os florianopolitanos. A obra foi em grande parte custeada com o dinheiro da venda do Paulinum, antigo seminário do Regional Sul-IV em Curitiba, adquirido em 1965. Em 1988 as dioceses retiraram seus estudantes das dependências do ITESC e cada uma providenciou a construção de seu Seminário, onde estão até hoje. Essa mudança permitiu aos seminaristas de cada diocese maior entrosamento entre si e também distinção entre o ambiente acadêmico e a casa de formação. Durante esse período alguns seminaristas optaram por residir em periferias próximas ao espaço da formação acadêmica. Com a posse de Dom Eusébio Scheid (Arcebispo entre 1991 e 2001) foi aos poucos tomando corpo a ideia de aumentar o Convívio Emaús, que, com a construção de mais dois andares, recebeu os seminaristas da Arquidiocese. Com projeto arquitetônico de uma engenheira de São José dos Campos (SP), teve como mestre de obras o Diácono Manoel Vidal Pereira. No segundo semestre de 1992, o edifício passou a ser ocupado pelos estudantes de Teologia de Florianópolis, tendo como reitor Pe. João Francisco Salm e diretor espiritual Pe. Pedro Adolino Martendal. Desde 01 de janeiro de 2009, o seminário tem como reitor o Pe. Vânio da Silva.
