Como instituição católica administrada pelos salesianos de Dom Bosco, a ISJB preza pelos valores éticos e cristãos em todas as suas ações. A Inspetoria se pauta nos princípios do Estatuto da Criança e do Adolescente (ECA, Lei nº 8069/1990) e no Sistema Preventivo de Dom Bosco para construir um mundo mais justo e solidário, que reconheça os direitos das crianças e adolescentes, além de proporcionar
-lhes, com ações concretas e pontuais, um futuro melhor. Para realizar a sua missão, a ISJB mantém 33 programas de formação e promoção integral da infância e juventude. A Inspetoria São João Bosco também tem uma forte atuação na área educacional, com serviços de educação básica, ensino superior e outros projetos educativos. Solidária às igrejas locais, a ISJB presta um grande serviço de evangelização da juventude, por meio de 14 paróquias salesianas que procuram formar "bons cristãos e honestos cidadãos" para a sociedade. A ISJB é membro da Conferência das Inspetorias dos Salesianos de Dom Bosco do Brasil (Cisbrasil), entidade representativa das seis inspetorias salesianas do País. A finalidade da Cisbrasil é coordenar, orientar, defender e assistir as inspetorias associadas, suas obras e atividades diversas. Por meio de um trabalho articulado em rede, procura padronizar os processos e otimizar os recursos disponíveis para "educar e evangelizar os jovens". Algumas das iniciativas bem-sucedidas de sinergia institucional são a Rede Salesiana de Ação Social (Resas), a Pastoral Juvenil Salesiana (PJS) e a Rede Salesiana de Escolas (RSE), esta desenvolvida também com as filhas de Maria Auxiliadora (irmãs salesianas).
