Erste Nachweise der Franziskanerkirche gehen bereits auf das Jahr 774 zurück, die damals Tauf- und Synodalkirche war und schon vor der Erbauung des Domes bestand und zum Kloster St. Sie war der Gottesmutter geweiht und Bischof Virgil (745 - 784) hat sie bereits erneuert. 1139 rückte sie zur Stadtpfarrkirche auf, 1167 brannte die Marienkirche mit weiteren fünf Kirchen in Stadt, darunter dem Dom, nieder. Die Kirchweihe von 1123 wird mit einem Neubau in Verbindung gebracht, von dem heute nur mehr das Langhaus besteht. Ab 1408 schritt man wieder zu einem Neubau. Der Chor in seiner heutigen Form (von den barocken Veränderungen selbstverständlich abgesehen) ist nicht als Torso einer sechsjochigen Hallenkirche, sondern als künstlerisch einheitlicher, auf den Zusammenschluß mit dem spätromanischen Langhaus, zentralisierender Raum bzw. Bau aufzufassen. 1422 und 1429 war der Chorbau noch im Gange. Altarweihe um die Mitte des 15. Jh.s (Choraltar 1460) weisen auf seine Vollendung um diese Zeit hin. Als Baumeister ist durch das Epitaph an der Martinskirche in Landshut Meister Hans von Burghausen (früher fälschlich Hans Stethaimer genannt) gesichert. Nach seinem Tod (1432) dürfte Stefan Krumenhauser (gest. 1461) die Bauleitung innegehabt haben. Der Turm wurde zwischen 1486 und 1498 nach einem Nürnberger Riß ausgebaut. 1484 wandte sich die Stadt an Rueland Frueauf d.Ä. Schließlich erhielt aber Michael Pacher von Bruneck/Südtirol den Auftrag und führte ihn 1495 - 1498 (Pacher starb in diesem Jahr in Salzburg) um den hohen Betrag von 3300 Gulden aus. Mit dem Bau des Chores der Pfarrkirche und seiner Ausstattung durch erste Meister hatten sich die Bürgerschaft und Zünfte der nach Reichsfreiheit strebenden Stadt Salzburg ein anspruchsvolles
