É uma associação que congrega e representa a quase totalidade das igrejas evangélicas em Portugal. Foi organizada em 1921 sob a liderança do seu primeiro presidente, Eduardo Moreira, muito embora o seu estatuto legal só tivesse sido obtido em 1935. Inicialmente constituída apenas por pastores e outros líderes das Igrejas Evangélicas, os seus grandes objetivos foram a luta pela pureza da Fé e da Doutrina Evangélicas, a luta pela liberdade religiosa e a abolição das discriminações de que os Evangélicos eram vítimas, relativamente à Igreja Católica Romana, que era e ainda é, a confissão dominante. Ao mesmo tempo a Aliança Evangélica Portuguesa constituiu-se como um ponto de encontro da liderança evangélica para debater e tomar posições sobre aspetos e temas relevantes da Comunidade Evangélica em Portugal nomeadamente as que diziam respeito à liberdade religiosa, tantas vezes ameaçada e comprometida pelos privilégios concedidos pelo Estado à Igreja Católica Romana e a perseguição que esta então move a todos que não professavam a religião oficial. A atuação da AEP neste aspeto ao longo dos anos, tem dado os seus resultados, bem patentes no enquadramento legal que pouco a pouco tem sido alcançado. No campo da assistência social, teve uma ação destacada na crise dos "retornados" das ex-colónias, quando mobilizou e distribuiu apoios, em géneros e dinheiro, para os que chegavam sem nada. Em meados dos anos 80 a Aliança Evangélica Portuguesa altera os seus estatutos, cria condições para um maior envolvimento das igrejas no seu organismo de representação, amplia as suas estruturas e dinamiza as suas atividades de âmbito coletivo e nacional. No início dos anos 90 adquire uma nova dinâmica e intensifica a luta pelo reconhecimento oficial da identidade e dignidade da Comunidade Evangélica Portuguesa, a luta pela abolição das discriminações de que a mesma é vítima em diversas matérias, a luta pela eliminação das barreiras que ainda existem ao normal exercício da atividade das igrejas evangélicas. Luta e conquista o direito de ensinar a Religião e Moral Evangélicas nas escolas públicas, conquista o acesso à televisão Estatal, no âmbito do serviço público, e prossegue a luta para que o Estado reconheça formalmente a existência da "Confissão Cristã Evangélica" como a maior não católica romana e a AEP como o seu organismo de representação. Contra "ventos e marés" e grandes resistências culturais e sócio-políticas algumas destas lutas foram, parcialmente, bem-sucedidas, destacando-se a prolongada luta por uma Lei da Liberdade Religiosa. A AEP congrega e representa a quase totalidade da comunidade evangélica, com um número de fiéis diretamente envolvidos nas igrejas da ordem dos 250.000, exerce a sua influência num universo de 500.000 pessoas, tem cerca de 1.500 locais de culto espalhados por todo o Continente e Ilhas, possui cerca de 900 ministros de culto e outros líderes, conta com cerca de 2.000 quadros superiores, sócio-profissionais e empresários, possui 12 escolas de ensino teológico, conta com mais de 63 instituições de ação social, tem 306 turmas a funcionar em 241 escolas públicas da disciplina de Educação Moral e Religiosa Evangélica abrangendo um universo de 2000 alunos, tem dois programas televisivos, sendo um bi-semanal, no canal 2 da RTP, "A Luz das Nações" e o outro, "Caminhos", transmitido ao 3º domingo de cada mês e exerce muitas outras atividades ligadas à promoção da fé cristã evangélica, à salvação dos portugueses e à valorização da vida humana. A AEP coordena e dinamiza, também, projetos a nível nacional promovidos pelas igrejas e apoia-as, bem como aos seus ministros e outros líderes, em diversos aspetos da sua ação local.
É reconhecida pelo Estado como representante da Comunidade Evangélica Portuguesa e nessa qualidade mantém contactos institucionais regulares com a Igreja Católica Romana. Está internacionalmente em íntima cooperação com as Alianças Evangélicas dos países da UE, integra a Aliança Evangélica Europeia e, a nível mundial, a Aliança Evangélica Mundial, com sede em Singapura.
